El museo se encuentra ubicado en Alta Gracia, ciudad histórico-cultural más importante del departamento Santa María. Ubicada en el Valle de Paravachasca, al pie del camino de las Altas Cumbres, en la provincia de Córdoba (Argentina), a tan solo 36 km de la capital, ofrece un singular paisaje donde especies autóctonas y serpenteantes arroyos conviven con una población de más de 50.000 habitantes. 

El origen de su nombre nos remonta al año 1612, cuando Alonso Nieto de Herrera, español, bautiza al lugar con el nombre de la Patrona de su pueblo natal en Garrovillas de Alconétar, Nuestra Señora de Alta Gracia. En la ciudad, hoy se puede apreciar un patrimonio cultural diverso, con una amplia y rica historia que se inicia en tiempos de la colonia, cuando nace como estancia jesuítica y se desarrolla como tal durante 124 años. 

En 1969 el Estado Argentino adquiere la Residencia para conformar el Museo Nacional Casa del Virrey Liniers. Por ello comienza un largo proceso de restauración y refuncionalización, donde la investigación arqueológica develó características del edificio que dieron cuenta de su extenso devenir histórico. Inaugurado oficialmente el 26 de agosto de 1977, el edificio continúa siendo un documento material para la investigación histórica. 

El 2 de diciembre de 2000 las estancias jesuíticas de Alta Gracia, Jesús María, Caroya, Santa Catalina, La Candelaria, y la Manzana de la Compañía: Iglesia, Capilla Doméstica, Residencia de los Padres, Rectorado de la Universidad Nacional de Córdoba y Colegio Monserrat, fueron designados Patrimonio Mundial por la UNESCO. Luego, en el año 2014, el sistema jesuítico es declarado «Sitio asociado al proyecto de la UNESCO La Ruta del Esclavo», destinado a promover el establecimiento de itinerarios de memoria que permitan narrar esta historia y dar a conocer el patrimonio cultural inmaterial al que ha dado lugar, en el plano nacional, regional e internacional.