Nuestro Museo se encuentra en la antigua residencia del siglo XVII de la Estancia Jesuítica de Alta Gracia. En aquella época Córdoba era la sede religiosa-administrativa de la Provincia Jesuítica del Paraguay, que comprendía los actuales territorios de Paraguay, Uruguay, Argentina y parte de Brasil y Bolivia. Conformaba una red social, económica y cultural que la convirtió en uno de los centros de desarrollo más destacados de Sudamérica.

Además de la impronta jesuítica, en este edificio sucedieron importantes acontecimientos históricos por la acción de distintos actores sociales. Uno de ellos fue la firma del Pacto de Alta Gracia, el 16 de abril de 1830, durante el gobierno del Gral. José María Paz, que ligaba política y económicamente a Córdoba y San Juan. Este tratado de paz, amistad y comercio fue parte de nuestra formación como Nación.